IO.SYS為WIN9X模式下的重要啟動文件，主要控制啟動中由機器向操作者之間的重要轉換，是WIN9X系統啟動的樞紐
IO.SYS位于C:\下，和MSDOS.SYS COMMAND.COM共同構成WIN9X的啟動核心，通常情況下為系統、只讀、隱藏屬性。
其中MSDOS.SYS對IO.SYS起配置作用。

IO.SYS是輸入輸出的驅動文件
這樣的文件，你最好不要刪，有些文件是系統保護文件，你想刪都刪不掉

1、IO.SYS的內部啟動菜單
Win 9X的IO.SYS由原DOS的系統文件IO.SYS、MSDOS.SYS合并而成，提供標準硬件的輸入/輸出接口和DOS的中斷調 用，功能全面增強，它基本上控制著Win 9X的全部啟動過程，是Windows的DOS實模式的核心文件。但它需要根據MSDOS.SYS的設置才能實 現正常的啟動過程。
IO.SYS可由啟動功能鍵改變啟動過程，這些功能鍵對應著啟動菜單各選項：功能鍵
對應的啟動菜單項 F4：
Previous MS-DOS version F5：
Safe mode Shift+F5： Command prompt only F6：
Safe mode with network support F8：
啟動時調出啟動菜單 Shift+F8： Step-by-step confirmation 系統啟動出現“Starting Windows 95...”時按下功能鍵即可

IO.SYS在啟動時與DOS的最大不同，是提供能滿足大多數DOS應用的缺省CONFIG.SYS配置，能夠自動加載必要的驅動程序

2、IO.SYS控制下的啟動過程
⑴系統啟動時，IO.SYS顯示“Starting Windows 95...”，此時可由啟動功能鍵選擇啟動方式。
⑵IO.SYS根據啟動菜單選擇和MSDOS.SYS的配置確定啟動模式。
⑶若使用原DOS系統，IO.SYS自動將DOS和Win 9X的系統啟動文件對換，然后由原DOS控制系統啟動過程。(即Win 9X的雙重啟動過程最終是由IO.SYS控制完成的，與引導記錄等無關)
⑷IO.SYS根據啟動模式先由CONFIG.SYS進行系統硬件配置，若CONFIG.SYS中沒有加載Win 9X啟動的必需文件(如 HIMEM.SYS、IFSHLP.EXE等)，系統則根據默認設置自動加載。(如果要加載使用擴展內存的驅動程序，如EMM386.EXE等，必須在 CONFIG.SYS第一行加上HIMEM.SYS驅動，否則由于系統此時未提供擴展內存，EMM386.EXE等程序將無法運行)
⑸完成CONFIG.SYS等硬件配置后，IO.SYS通過COMMAND.COM調用AUTOEXEC.BAT進行軟件配置。
⑹系統根目錄下的BOOTLOG.TXT是由IO.SYS控制完成的，其它一些日志文件多是在安裝系統時建立的。
⑺完成DOS啟動過程后自動調用Win.COM，開始啟動GUI。
是系統重要文件，建議備份，如果被病毒刪除的話可以在安全模式下將備份文件恢復