MSDos.SYS作為系統盤中的核心文件，是系統啟動時必不可少的。在DOS操作系統時代，主要負責建立、刪除以及讀寫磁盤文件等的管理，內存的管理、磁盤和其它系統資源的管理工作。

在MS-DOS 6.x及以下版本中，MSDOS.SYS是一個非常重要的啟動文件。不過，到了MS-DOS 7.x版本中，MSDOS.SYS變成了一個設置文件，有點類似CONFIG.SYS，仍具有較大的作用。

MSDOS.SYS的作用
在Win 9X中，MSDOS.SYS變成了純文本系統配置文件，用于控制Win的啟動方式。可以在DOS模式下解除其特殊屬性(只讀、隱藏、系統)，根據需要自行配置。MSDOS.SYS可以是空文件，甚至可以刪除，當然此時系統只能以純DOS方式啟動，不能進入GUI系統。

用SYS向硬盤傳送系統以修復啟動文件時，將覆蓋引導記錄、IO.SYS和COMMAND.COM，MSDOS.SYS的內容保持不變，保證系統引導部分修復后，整個系統仍能正常啟動

Windows98 的 MSDOS.SYS 文件中 [Options] 塊中的一些設置。

[Options]
AutoScan=1/0
BootDelay=2/?
BootGUI=1/0
BootKeys=1/0
BootMenu=0/1
BootMenuDefault=1/2/3/4/5/6/7
BootMulti=0/1
BootWarn=1/0
BootWin=1/0
DblSpace=0/1
DoubleBuffer=0/1
DrvSpace=0/1
Load Top=1/0
Logo=1/0
WinVer=4.10.1998